我院研究生在《Frontiers in Genetics》发表最新成果
近期，我院2020级临床检验诊断学硕士研究生文霄瑕 （论文第一作者，导师：冷平副教授）在血小板内参基因筛选以及稳定性验证研究中取得新进展，从泛癌血小板转录组的数据集中筛选并验证候选内参基因稳定性，最终确定血小板泛癌最稳定适合的内参基因。相关研究成果以《Selection and Validation of Reference Genes for Pan-Cancer in Platelets Based on RNA-Sequence Data》为题发表于《Frontiers in Genetics》杂志（影响因子4.772）。
近年来的许多研究表明，血小板中的一些信使RNA（mRNA）可以用作诊断泛癌的生物标志物。定量实时聚合酶链式反应（qRT-PCR）分子技术最常用于测定血小板中的mRNA表达变化。准确可靠的相对qRT-PCR高度依赖于可靠的内参基因。鉴于某些常用内参基因的表达在某些条件下会改变，选择和验证最适合血小板泛癌的内参基因对于基于血小板转录组学诊断多种癌症是必要的。这项研究从血小板RNA测序数据集（GSE68086）进行了生物信息学和功能分析，筛选出7个候选内参基因（YWHAZ、GNAS、GAPDH、OAZ1、PTMA、B2M和ACTB）。这些候选内参基因在另一个血小板RNA测序数据集（GSE89843）中验证也稳定表达。然后，使用qRT-PCR来确认这七个基因在泛癌患者（乳腺癌，结肠癌，非小细胞肺癌，肝胆管癌）和健康个体中的表达水平。使用内部稳定性分析软件程序(the comparative Delta CT method,、geNorm、NormFinder和BestKeeper）对这些qRT-PCR结果进行了分析，以按稳定性下降的顺序对候选基因进行排名。相比之下，GAPDH基因在所有测试样本中都稳定一致高表达。因此，GAPDH被推荐为最合适的泛癌血小板转录分析的内参基因。总之，我们的结果可能在建立基于血小板的分子诊断平台以诊断泛癌方面发挥重要作用。
图1. 从血小板RNA测序数据集中筛选候选内参基因的生物信息分析总体工作流程。
图2. (A)验证七个内参基因的稳定性。（B-H）每个内参基因与癌症和健康组的验证。CT值反映了参考基因表达的丰度。CT值越高，表达水平就越低，反之亦然。CT值的标准偏差（SD）是所有测试样本中候选参考基因表达稳定性的示意图指标。框图显示了一个从第一个四分位数（第25个百分位数）到第三个四分位数（第75个百分位数）和中间位数（第50个百分位数）的框。
图3. (A)根据德尔塔CT计算对三个内参基因表达稳定性进行排序。（B）通过GeNorm分析对三个候选内参基因稳定性。（C）NormFinder分析中三个候选内参基因的稳定性。（D）BestKeeper算法分析以确定内参基因的稳定性。其中低值表示归一化因子中的表达更稳定。