我校学者张杨副教授在生物制药相关算法及数据库研究领域取得进展，形成了系列研究成果，在国际知名期刊发表多篇研究论文。
2024年4月11日，以“CodLncScape Provides a Self-Enriching Framework for the Systematic Collection and Exploration of Coding LncRNAs”为题，在《Advanced Science》（中科院一区，TOP期刊）发表卷首论文（frontispiece）。张杨副教授为该论文通讯作者。Coding lncRNA不同于传统的RNA分类法，其同时具备RNA的编码及非编码功能，且二者能在特定条件下相互转换。这一特性与传统中医中的太极阴阳，相生相克的理念不谋而合。在这一思想的启发与指导下，团队开发了一个可自我更新的coding lncRNA研究框架CodLncScape，该框架由四个互联的模块组成：codLncDB、codLncFlow、codLncWeb和codLncNLP，涵盖了从知识库构建、生物分析管道到临床诊断模型的建立，以及结合ChatGPT等多种大型语言模型的文本挖掘工具，为coding lncRNA的系统性研究提供了新路径。
2024年4月1日，以“Cm-siRPred: Predicting chemically modified siRNA efficiency based on multi-view learning strategy”为题，在《International Journal of Biological Macromolecules》（中科院一区, TOP期刊）发表研究论文，医学技术学院2020级本科生潘贤润为第一作者，张杨副教授为通讯作者。在我校对外合作处的牵引指导下，研究团队与川内生物制药企业展开合作，针对企业在小核酸药物研发的具体需求，采用人工智能技术开发了一种siRNA化学修饰设计工具Cm-siRPred。该工具目前已成功应用于企业的siRNA药物研发管线。除发表研究论文外，团队还与企业共同申请了相关的国家发明专利和软件著作权，进一步加强了科研成果的转化应用。
2024年3月8日，以“MCSdb, a database of proteins residing in membrane contact sites”为题，在《Scientific Data》（中科院二区）发表研究论文，医学技术学院2020级本科生潘贤润为该论文的第一作者，张杨副教授为论文通讯作者，该研究开发了膜接触位点（Membrane Contact Site，MCS）的数据库MCSdb，收录了MCS驻留蛋白的全面信息，为解析MCS功能及细胞器间的通讯提供了重要资源。
2024年1月6日，以“Attention is all you need: utilizing attention in AI-enabled drug discovery”为题，在《Briefings in Bioinformatics》（中科院二区，top期刊）发表综述论文，张杨副教授为论文通讯作者，该论文以万字长文形式深入探讨了人工智能领域的核心技术—注意力机制及其衍生模型的基本原理，以及这些模型在小分子药物研发中的显著优势。文章详细阐述了注意力机制在药物研发的多个环节，如分子筛选、靶点结合、性质预测和分子生成等方面的实际应用，展示了其在推动药物发现过程中的重要作用。
2023年11月2日，以“P450Rdb: A manually curated database of reactions catalyzed by cytochrome P450 enzymes”为题，在《Journal of Advanced Research》（中科院一区，top期刊）发表研究论文，张杨副教授为论文第一作者，该工作开发了P450Rdb数据库，1600条细胞色素P450酶催化的反应的全方位信息，为药用植物天然产物的生物合成提供重要数据基础。
张杨副教授在生物制药相关的算法及数据库研究领域取得的一系列成果，不仅推动了人工智能、大数据等新技术和新方法在天然产物、小分子及生物制药领域的应用，还加强了学术界与产业界的合作。研究展示了AI在提升药物研发效率方面的巨大潜力，有效促进了理论成果向实际应用的转化，进一步突显了科技创新在现代药物开发中的关键作用。
系列研究获得国家自然科学基金的资助（62071099, 62202069）。
全文链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/advs.202400009
https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0141813024014417
https://www.nature.com/articles/s41597-024-03104-7
https://academic.oup.com/bib/article/25/1/bbad467/7512647
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2090123223003168
（供稿：中医药创新研究院）