近日，我院本草基因组学团队在薄荷T2T单倍型基因组研究分析中取得进展，相关成果以“A haplotype-resolved gap-free genome assembly provides novel insight into monoterpenoid diversification in Mentha suaveolens ‘Variegata’”为题，于2024年1月在（Horticulture Research）（中科院一区，top期刊）上线（Advance Access）。我校博士一年级研究生杨含婷和我院博士后王灿为该论文共同第一作者，我院陈士林首席教授、宋驰教授、冷梁副教授为论文共同通讯作者。

       薄荷（Mentha）是唇形科薄荷属的一种多年生草本植物，因其独特的香气和商业价值而在世界各地广泛种植。高质量的基因组将为薄荷分子生物学及代谢生物学提供重要信息，然而，目前已报道的薄荷基因组存在大量的间隙（gap），影响后续基因功能的研究。该研究利用Nanopore、PacBio HiFi和Hi-C等多种技术，完成首个唇形科植物凤梨薄荷Gap-free单倍型基因组（hapA: 401.9Mb和hapB: 405.7Mb），为唇形科物种进化研究提供了重要参考，助力“千种本草基因组计划”的实施。

图1. 凤梨薄荷的形态和基因组信息

       结构变异（SVs）对基因功能（如萜烯化合物合成酶基因）有很大影响，该研究总共检测到41,135个SVs。凤梨薄荷其中5493个基因受到SVs的影响，占基因总数的17.3%。富集分析发现参与萜类生物合成的基因可能受到这些SVs的影响。

       综上，该研究成功获得首个唇形科植物凤梨薄荷Gap-free单倍型基因组。同时，以薄荷化学多样性为出发点，探讨了SVs对萜类化合物合成的影响。此外，该研究还预测了参与薄荷醇生物合成的候选关键酶基因，为后续基因生物学功能研究奠定基础。

       全文链接：https://academic.oup.com/hr/advance-article/doi/10.1093/hr/uhae022/7571527?searchresult=1